행정해석 질의회신 조세특례

조특법§99의2에 따른 신축주택이 리모델링으로 동․호수가 변경되는 경우 특례 적용 여부

사건번호 선고일 2026.03.24
조특법§99의2에 따른 신축주택이 리모델링으로 동․호수가 변경되는 경우 조특법§99의2② 을 적용하는 것임
[회신] 귀 서면질의의 사실관계와 같이, 「조세특례제한법」제99조의2에 해당하는 A주택이 「주택법」제2조제25호다목에 따른 ‘세대수 증가형 리모델링’ 중이거나 또는 리모델링 완료 후 같은 법 제67조의 ‘권리변동계획’에 따라 동․호수가 변경되는 경우에도 「조세특례제한법」제99조의2제2항이 적용되는 것입니다. 1. 사실관계 ○’13.11월 甲, A주택 매매계약 체결 및 계약금 지급 * 조특법§99의2에 따른 신축주택등의 취득요건을 충족한 것으로 전제함 ○’14.02월 A주택 취득(취득가액 6억원 이하) ○’20.11월 B주택 취득 후 양도시까지 2년 이상 거주 ○’22.04월 리모델링 주택건설사업계획 승인 고시 - 리모델링 유형 : 세대수 증가형 ○’23.12월 A주택 리모델링 착공 ○ 예정 A주택 리모델링 완료 후 증축되는 다른 동․호수로 변경 예정 - A주택의 리모델링 후 토지 면적은 동일, 주택 면적은 증가(전용면적 66㎥ → 85㎥) ○ 예정 A주택 리모델링 완료 전 ․ 후에 B주택 양도 2. 질의요지 ○ 조특법§99의2에 해당하는 A주택이 주택법에 따른 세대수 증가형 리모델링 사업으로 증축되는 다른 동․호수로 변경되는 경우로서 - A주택에 대한 리모델링이 진행 되는 중 또는 리모델링이 완료된 후 B주택을 양도하는 경우에도 조특법§99의2②에 따라 A주택을 甲의 소유주택으로 보지 않는 것인지 3. 관련 법령 □ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적 (공동주택의 경우에는 전용면적) 이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득 (2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다) 한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19> ② 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1> ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다. ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1> ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 25. “리모델링”이란 제66조제1항 및 제2항에 따라 건축물의 노후화 억제 또는 기능 향상 등을 위한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. 가. 대수선(大修繕) 나. 제49조에 따른 사용검사일 (주택단지 안의 공동주택 전부에 대하여 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말한다) 또는 「건축법」제22조에 따른 사용승인일부터 15년 [15년 이상 20년 미만의 연수 중 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도 (이하 “시ㆍ도”라 한다) 의 조례로 정하는 경우에는 그 연수로 한다] 이 지난 공동주택을 각 세대의 주거전용면적 (「건축법」제38조에 따른 건축물대장 중 집합건축물대장의 전유부분의 면적을 말한다) 의 30퍼센트 이내 (세대의 주거전용면적이 85제곱미터 미만인 경우에는 40퍼센트 이내) 에서 증축하는 행위. 이 경우 공동주택의 기능 향상 등을 위하여 공용부분에 대하여도 별도로 증축할 수 있다. 다. 나목에 따른 각 세대의 증축 가능 면적을 합산한 면적의 범위에서 기존 세대수의 15퍼센트 이내에서 세대수를 증가하는 증축 행위 (이하 “세대수 증가형 리모델링”이라 한다) . 다만, 수직으로 증축하는 행위 (이하 “수직증축형 리모델링”이라 한다) 는 다음 요건을 모두 충족하는 경우로 한정한다. 1) 최대 3개층 이하로서 대통령령으로 정하는 범위에서 증축할 것 2) 리모델링 대상 건축물의 구조도 보유 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 □ 주택법 제67조 【권리변동계획의 수립】 세대수가 증가되는 리모델링을 하는 경우에는 기존 주택의 권리변동, 비용분담 등 대통령령으로 정하는 사항에 대한 계획 (이하 “권리변동계획”이라 한다) 을 수립하여 사업계획승인 또는 행위허가를 받아야 한다. □ 주택법 제76조 【공동주택 리모델링에 따른 특례】 ⑥ 권리변동계획에 따라 소유권이 이전되는 토지 또는 건축물에 대한 권리의 확정 등에 관하여는 「도시 및 주거환경정비법」제87조를 준용한다. 이 경우 “토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물”은 “권리변동계획에 따라 구분소유자에게 소유권이 이전되는 토지 또는 건축물”로, “일반에게 분양하는 대지 또는 건축물”은 “권리변동계획에 따라 구분소유자 외의 자에게 소유권이 이전되는 토지 또는 건축물”로 본다. <신설 2020.1.23>
원본 출처 (국세법령정보시스템)